Coronavirus : les mutations

et Christiane Fux, rédactrice médicale Mis à jour le

Maximilian Reindl a étudié la chimie et la biochimie au LMU de Munich et est membre de l'équipe éditoriale de depuis décembre 2020. Il se familiarisera pour vous avec les sujets médicaux, scientifiques et politiques de santé afin de les rendre compréhensibles et compréhensibles.

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Christiane Fux a étudié le journalisme et la psychologie à Hambourg. Le rédacteur médical expérimenté rédige des articles de magazines, des actualités et des textes factuels sur tous les sujets de santé imaginables depuis 2001. En plus de son travail pour, Christiane Fux est également active dans la prose. Son premier roman policier a été publié en 2012, et elle écrit, conçoit et publie également ses propres pièces de théâtre policières.

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À l'heure actuelle, la variante delta du Sars-CoV-2 inquiète particulièrement les experts : elle semble non seulement plus contagieuse, mais aussi plus dangereuse que le type sauvage d'origine. D'autres mutations se sont avérées au moins plus contagieuses. Vous pouvez découvrir ici quelles sont les propriétés des différentes mutations du coronavirus, où elles se propagent et pourquoi les vaccinations protègent toujours très bien.

Les mutations sont normales

L'émergence de nouvelles variantes virales n'a rien d'inhabituel : les virus - y compris l'agent pathogène Sars-CoV-2 - modifient de manière aléatoire et répétée leur matériel génétique au cours de la réplication. La plupart de ces mutations n'ont pas de sens. Mais certains sont bénéfiques au virus et l'emportent.

De cette façon, les virus sont capables de s'adapter rapidement à l'environnement et à leur hôte. Cela fait partie de leur stratégie évolutive.

Entre-temps, cependant, des « variantes préoccupantes » (VoC) sont apparues avec Sars-CoV-2, c'est-à-dire des variantes qui préoccupent les experts. Ce qu'ils ont en commun, c'est qu'ils sont plus contagieux que la forme originale du Sars-CoV-2.

Il s'agit des quatre variantes suivantes :

• Alpha : La lignée, également connue sous le nom de B.1.1.7, s'étend depuis la Grande-Bretagne.
• Beta : La lignée, également connue sous le nom de B.1.351, s'étend depuis l'Afrique du Sud.
• Gamma : La lignée, également connue sous le nom de P.1, s'étend du Brésil.
• Delta : La lignée, également connue sous le nom de B.1.617, s'étend depuis l'Inde.

Les variations virales sont regroupées en ce que l'on appelle des clades ou des lignées - les chercheurs créent une sorte d'"arbre généalogique du coronavirus". Chaque variante est caractérisée en fonction de sa constitution génétique et d'une combinaison de lettres et de chiffres. Il n'est pas possible de déterminer si une certaine souche virale est plus dangereuse ou non à partir de cette désignation - elle n'est utilisée que pour l'enregistrement et la documentation systématiques.

À propos : l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a récemment suggéré d'introduire de nouveaux noms pour les variantes Sars-CoV-2 les plus importantes. Selon l'OMS, les variantes virales individuelles doivent désormais être nommées par ordre croissant selon l'alphabet grec.

Cette nouvelle description, plus simple et surtout neutre, vise à éviter que de nouveaux variants de virus ne soient assimilés au lieu de leur première détection. Il s'agit d'éviter les stigmates, la discrimination et les préjugés injustifiés et scientifiquement infondés à l'encontre de pays individuels dans le débat public.

Le plus probable. Une étude écossaise publiée dans la prestigieuse revue The Lancet montre que le risque de traitement hospitalier pour une infection à Delta est deux fois plus élevé qu'avec la variante originale.

Les vaccinations protègent-elles contre la variante Delta ?

Oui. BioNTech / Pfizer protège 79 pour cent contre la maladie contre Delta après la deuxième dose de vaccination contre 92 pour cent contre la variante alpha, qui a été initialement détectée en Grande-Bretagne. Après la vaccination avec AstraZeneca, la protection après la deuxième dose de vaccination est de 60 pour cent contre 73 pour cent.

Ces chiffres concernent les évolutions symptomatiques légères et modérées. L'efficacité de la vaccination contre les maladies graves et la mort n'est pas prise en compte. Mais c'est précisément ici que l'indice de protection pourrait être nettement meilleur.

Virus Delta - Faits immunologiques

La variante delta du coronavirus (B.1.617) a été découverte pour la première fois en Inde. Il montre trois sous-variantes et combine plusieurs changements caractéristiques. Un tel regroupement a été démontré pour la première fois dans une variante de virus.

D'une part, il s'agit de modifications de la protéine de pointe, considérée comme la « clé » de la cellule humaine. D'un autre côté, B.1.617 montre également des changements qui sont discutés comme une mutation d'échappement (possible).

Plus précisément, B.1.617 combine les mutations pertinentes suivantes :

Mutation D614G : Elle peut rendre le coronavirus plus contagieux. La modélisation initiale indique que B.1.617 se transmet au moins aussi facilement que la variante alpha très contagieuse (B.1.1.7).

Mutation T478K : Elle conduit à un échange de l'acide aminé non chargé thréonine par la lysine en position 478, protonée dans des conditions physiologiques - et donc chargée positivement. On suppose que cet échange d'acide aminé influence l'interaction avec le récepteur ACE2. Les experts soupçonnent que cela pourrait déclencher des maladies Covid-19 plus graves.

Mutation P681R : Les chercheurs associent également cela à une possible virulence accrue.

Mutation E484K : A également été trouvée dans le variant bêta (B.1.351) et le variant gamma (P.1). Il est suspecté de rendre le virus moins sensible aux anticorps neutralisants déjà formés.

Mutation L452R : Elle est également discutée comme une possible mutation d'échappement. Les souches de coronavirus avec la mutation L452R étaient partiellement résistantes à certains anticorps lors d'expériences en laboratoire.

Autres variantes virales connues

En outre, d'autres variantes du virus Sars-CoV-2 se sont développées qui diffèrent du type sauvage - mais les experts ne les comptent actuellement pas comme des COV. Ces souches virales sont appelées "Variants d'intérêt" (VOI) - c'est-à-dire des variantes d'un intérêt particulier.

On ne sait pas encore quel impact ces VOI émergents pourraient avoir sur la pandémie. S'ils résistent aux souches de virus déjà en circulation, ils pourraient également être mis à niveau vers les COV correspondants.

Variantes particulièrement intéressantes

Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), ces VOI comprennent actuellement :

• Eta : éprouvé dans de nombreux pays (B.1.525)
• Iota : découverte pour la première fois aux USA dans la région de New York (B.1.526)
• Kappa : découvert pour la première fois en Inde (B.1.617.1)
• Lambda : découverte pour la première fois au Pérou (vers 37)

En outre, selon l'ECDC, il existe d'autres VOI qui ne sont pas encore décrits selon la nouvelle nomenclature de l'OMS :

• B. 1620 d'origine inconnue.
• B. 1 621 découvertes pour la première fois en Colombie.

Selon les informations de l'ECDC et de l'OMS, les variantes précédemment mentionnées comme epsilon, zeta et theta ne font plus partie du VOI. Le variant B.1.616, qui a été détecté pour la première fois en France, a également longtemps circulé sans avoir d'impact significatif sur la pandémie.

Variantes sous observation

Les "variantes sous surveillance" (VUM) font également l'objet d'un focus élargi - cependant, il y a toujours un manque de données fiables et systématiques sur celles-ci. La plupart du temps, il n'y a que des preuves de leur simple existence. Ils comprennent des variantes apparaissant sporadiquement ou des descendants « modifiés » - ou mieux dits, davantage développés - de mutations déjà connues.

Selon l'ECDC, ces rares VUM comprennent actuellement :

• B.1.427 et B.1.429 - précédemment appelés Epsilon par l'OMS, maintenant déclassés, découverts pour la première fois en Californie.
• P.2 - précédemment appelé Zeta par l'OMS, maintenant déclassé, découvert pour la première fois au Brésil.
• P.3 - précédemment appelé thêta par l'OMS, maintenant déclassé, découvert pour la première fois aux Philippines.
• B.1.214.2, A.27, A.28, C.16 et B.1.1.318 - variantes d'origine inconnue.
• Autres variants détectés pour la première fois en Afrique du Sud : B.1.351 + E516Q et B.1.351 + P384L, C.1.2
• Autres variantes détectées pour la première fois en Grande-Bretagne : B.1.1.7 + L452R et B.1.1.7 + S494P, A.23.1 + E484K, AV.1, B.1.671.2 + K417N
• Autres variantes détectées pour la première fois aux États-Unis : B.1.526.1, B.1.526.2
• Variante détectée pour la première fois en Russie : AT.1
• Variante détectée pour la première fois en Égypte : C.36 + L452R
• Variante détectée pour la première fois au Mexique : B.1.1.519

Bien qu'un grand nombre de nouvelles variantes virales soient désormais connues, cela ne signifie pas automatiquement une menace plus importante. Une évaluation des risques n'est pas encore possible à ce stade. L'influence de ce VUM sur le processus d'infection (global) n'est pas non plus prévisible. Ainsi, la question de savoir si certaines variantes virales sont pertinentes ou dangereuses ne peut être clarifiée que par d'autres observations.

À quel point les mutations du coronavirus sont-elles dangereuses?

Les mutations du coronavirus officiellement classées comme "Variants of Concern" sont, selon l'état actuel des connaissances, plus dangereuses que le type sauvage du coronavirus. Ils sont très contagieux et leurs modifications appropriées (mutations d'échappement) pourraient favoriser des infections secondaires.

Cependant, une évaluation générale de la question de savoir si d'autres mutations du coronavirus sont plus dangereuses que l'agent pathogène Sars-CoV-2 d'origine n'est pas facilement possible. Il y a un manque d'expérience et une base de données solide, en particulier avec les nouvelles variantes émergentes.

Que signifie le pouvoir contagieux supérieur ?

Si le Sars-CoV-2 devient plus contagieux, il sera également plus difficile d'arrêter sa propagation. Les mesures qui ont jusqu'ici réussi à contenir la propagation pourraient alors ne plus suffire.

Si, par exemple, la valeur de réplication R de la forme sauvage du virus est réduite à 0,8 et que le nombre de personnes infectées est progressivement réduit, un virus environ 35 % plus contagieux se propagerait davantage et déclencherait des chaînes d'infection si les mêmes mesures ont été prises.

Qu'est-ce que cela signifie pour les vaccins?

Il n'y a pas de réponse générale à cela. Un éventuel effet protecteur réduit des vaccins nouvellement développés est vivement discuté dans les cercles de spécialistes. Jusqu'à présent, les fabricants de vaccins et les enquêtes préliminaires ont donné le feu vert à cet égard.

Par exemple, Comirnaty montre dans les premières études une efficacité comparable contre la variante alpha (B.1.1.7) et la variante bêta (B.1.351). VaxZevria semble également donner une bonne protection en B.1.1.7, mais l'efficacité contre la lignée B.1.351 pourrait être réduite.

Dans quelle mesure les autres vaccins de Moderna et Johnson & Johnson résisteront aux variantes virales modifiées n'a pas encore été clarifié de manière concluante.

À mesure que le virus progresse, des ajustements vaccinaux peuvent être nécessaires. Cependant, en raison des progrès réalisés dans le développement de vaccins, cela peut être fait dans un court laps de temps. Cependant, tous les vaccins approuvés dans l'Union européenne offrent toujours une protection efficace et adéquate - en particulier contre les évolutions graves et mortelles de Covid-19.

De plus amples informations sur le sujet des vaccins contre le coronavirus peuvent être trouvées ici.

À quelle vitesse Sars-CoV-2 mute-t-il ?

À l'avenir, Sars-CoV-2 continuera de s'adapter au système immunitaire humain et à une population (partiellement) vaccinée par le biais de mutations. La rapidité avec laquelle cela se produit dépend en grande partie de la taille de la population activement infectée.

Plus il y a de cas d'infection - régionaux, nationaux et internationaux - plus le coronavirus se multiplie - et plus les mutations se produisent.

Par rapport à d'autres virus, cependant, le coronavirus mute relativement lentement. Avec une longueur totale du génome Sars-CoV-2 d'environ 30 000 paires de bases, les experts supposent une à deux mutations par mois. À titre de comparaison : les virus de la grippe mutent deux à quatre fois plus souvent au cours de la même période.

Comment puis-je me protéger des mutations du coronavirus ?

Vous ne pouvez pas vous protéger spécifiquement contre les mutations individuelles du coronavirus - la seule option est de ne pas être infecté.

En règle générale, respectez les règles d'hygiène, gardez vos distances et portez votre masque FFP2 en public. Si vous vous faites vacciner, vous bénéficierez également d'une bonne immunité de base contre les évolutions sévères.

Comment les mutations du coronavirus sont-elles découvertes ?

L'Allemagne dispose d'un système de signalement étroit pour surveiller les virus Sars-CoV-2 en circulation - il s'agit d'un "système de surveillance moléculaire intégré". À cette fin, les autorités sanitaires compétentes, l'Institut Robert Koch (RKI), les laboratoires de diagnostic spécialisés et le laboratoire de consultation pour les coronavirus de la Charité de Berlin travaillent en étroite collaboration.

Comment fonctionne le système de notification si une mutation est suspectée ?

Tout d'abord, chaque test de coronavirus positif effectué par des professionnels doit être signalé à l'autorité sanitaire compétente.Cela inclut les tests de coronavirus qui ont été effectués dans un centre de test, chez votre médecin, dans votre pharmacie ou dans des installations gouvernementales - telles que les écoles. Cependant, les autotests privés en sont exclus.

Vous trouverez de plus amples informations sur les tests rapides de coronavirus à usage personnel dans notre rubrique spéciale autotests Corona.

Si le résultat est positif, les médecins envoient l'échantillon de patient correspondant à un laboratoire de diagnostic spécialisé, qui confirme le résultat à l'aide d'un test PCR. Si le test PCR est également positif, l'échantillon peut également être envoyé à un laboratoire de séquençage où il pourra être examiné plus avant (analyse du génome de séquençage).

Le RKI compare ensuite les données de rapport et le résultat de l'analyse de séquence de manière pseudonymisée. Pseudonymisé signifie qu'il n'est pas possible de tirer des conclusions sur une seule personne. Cependant, ces informations constituent la base de données pour les scientifiques et les acteurs du système de santé afin d'obtenir un aperçu précis de la situation pandémique actuelle. Cela permet la meilleure évaluation possible de la situation afin d'en déduire (si nécessaire) des mesures politiques.

Qu'est-ce qu'une analyse de séquençage du génome ?

Une analyse de séquençage du génome est une analyse génétique détaillée. Elle examine la séquence exacte des composants d'ARN individuels dans le génome viral. Cela signifie que le génome Sars-CoV-2, comprenant environ 30 000 paires de bases, est déchiffré et peut ensuite être comparé à celui du coronavirus de type sauvage.

Ce n'est qu'ainsi que les mutations individuelles peuvent être reconnues au niveau moléculaire - et une affectation au sein de "l'arbre généalogique des coronavirus" possible.

Le séquençage du génome est un processus long et coûteux avec des capacités (très) limitées. Ainsi, tous les échantillons positifs ne peuvent pas être séquencés en routine. Les experts font une présélection - ils prélèvent donc un échantillon.

Cela montre également clairement que tous les pays du monde ne sont pas en mesure de suivre en détail la propagation exacte de certaines variantes de coronavirus. Il est donc probable qu'il y ait un certain manque de clarté dans les données de reporting disponibles.

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